Грисайя: Призрачный курок

События разворачиваются спустя несколько лет после истории, показанной в «The Fruit of Grisaia». Территория бывшей академии Михама переоборудована в учебный центр организации SORD (Special Organization for Research & Development). Это учреждение занимается подготовкой специалистов для нужд национальной обороны. В составе группы действуют несколько оперативниц: Рена и Маки специализируются на огнестрельном оружии, Тоха и Гуми — снайперы, Крис отвечает за взрывчатку и обработку данных, а Мурасаки выполняет задачи разведчика с навыками ниндзя.

Команда берётся за задания, которые полиция и силы самообороны не могут выполнить самостоятельно. Операции связаны с высоким риском и требуют применения оружия и специальных навыков. Сюжет сосредоточен на выполнении этих опасных миссий и взаимодействии персонажей в условиях боевых действий.