Персона 3: Новое начало

События разворачиваются вокруг временного промежутка, известного как Тёмный час. Этот период возникает между окончанием одного дня и началом следующего. В это время появляются агрессивные существа, которые нападают на людей, оказавшихся на улице. Для противодействия этой угрозе существует школьный клуб SEES. Участники клуба обладают способностями, позволяющими им сражаться с существами и защищать окружающих. Их деятельность направлена на изучение природы Тёмного часа и поиск способа его устранения.

По мере развития сюжета члены SEES сталкиваются с различными препятствиями и противниками, пытающимися помешать их миссии. Каждый персонаж имеет личные мотивы для участия в клубе, которые раскрываются в ходе повествования. Исследование Тёмного часа приводит героев к неожиданным открытиям, касающимся их собственного прошлого и истинной природы аномалии. Фильм является адаптацией одноимённой ролевой игры, выпущенной в 2006 году.