Перезапись: Луна и Земля

Сюжет продолжает события первого сезона. Главный герой Котаро Теннодзи сталкивается с последствиями выбора, сделанного в предыдущей арке. В центре повествования оказываются две сюжетные линии: «Луна» и «Земля». В линии «Луна» Котаро попадает в альтернативный мир, где пытается предотвратить глобальную катастрофу, взаимодействуя с другими версиями знакомых персонажей. Линия «Земля» посвящена прошлому Котаро и его участию в организации «Охранник», которая борется с таинственными существами.

Действие разворачивается в двух временных периодах, раскрывая причины текущих событий. В линии «Земля» показано, как Котаро становится агентом организации и сталкивается с моральными дилемами, связанными с её целями. В линии «Луна» он пытается изменить ход истории, используя полученные знания. Обе сюжетные линии пересекаются, постепенно раскрывая истинную природу угрозы, стоящей перед миром. Финал сезона подводит к завершению всей истории, связывая все ключевые события в единую картину.