Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

На многих планетах, включая Землю, население устроило восстание против Механизированной империи. Тэцуро Хосино несколько лет участвует в военных действиях на Земле. Люди терпят поражение, и Тэцуро находится в подавленном состоянии. В этот момент на Землю прибывает Галактический экспресс 999. Затем Тэцуро получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд.

Тэцуро с боем пробивается на станцию и садится на Галактический экспресс 999. Он отправляется в путешествие, в ходе которого ему предстоит столкнуться с различными событиями и обстоятельствами. Дальнейшее развитие сюжета связано с разгадкой тайн, окружающих поезд и его пассажиров.