Исчезновение Харухи Судзумии

Глава клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что Рождество члены клуба проведут в комнате клуба за ужином. Начинается подготовка к мероприятию. Через несколько дней по дороге в школу Кён замечает странности: его разговор с Танигути не складывается, тот внезапно заболел и не помнит вчерашнего общения. В классе отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая разговаривает с Кёном как ни в чём не бывало.

Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Нагато, обычно молчаливая и загадочная, предстаёт обычной девушкой, которая является единственным членом литературного клуба. Выясняется, что ни бригады SOS, ни Харухи в этой школе никогда не существовало. Кён оказывается в реальности, где все события, связанные с клубом и его участниками, были изменены или стёрты.